Au début des années 1990, un nouveau terminal de 7 étages sort de terre à côté du terminal de l’époque, ainsi qu’une « jetée B » de 3 étages, et une série de ponts et de routes pour y accéder. À 20 m sous le sol, c’est une station TGV complète qui surgit, pour faciliter les connexions avec le réseau de trains à grande vitesse. Dans la foulée, BESIX construit pour la gare ferroviaire un tunnel de 300 m de long sous les infrastructures routières, et un autre de 400 m de long sous les pistes, entre le terminal passager et la future jetée A.